El edificio fue levantado por los jesuitas hacia el año 1716, en el lugar que ocupaba otro viejo templo dedicado a San José, santo patrono de carpinteros y constructores de barcos. El templo es fiel reflejo de los cánones de la arquitectura barroca mexicana. En 1941 se convirtió en el Museo Arqueológico, Etnográfico e Histórico de Campeche, actualmente forma parte del patrimonio del Instituto Campechano y en él se llevan a cabo diversas actividades culturales.